后便将两份折子具奏呈送太后。太后归政后，表面上在颐和园中颐养，但宫中诸事仍由军机大臣送呈太后。皇帝每月则五六次到园请安。据苏继祖《清廷戊戌朝变记》称，早在颁布国是诏前，太后就召见过奕劻、荣禄和刚毅，要他们盯紧皇上，不能由他“任性乱为”。因此，皇上的动向，军机大臣们都随时向太后汇报。
6月15日，在徐折呈送两天后，太后马上降下一道谕旨，今后凡提拔任用文武一品及满汉侍郎之官员，均需具折至太后处谢恩。自中日战争后，除万寿日及有特别重要之国事外，太后从未召见臣工。此谕一出，让人大感意外。明眼人自然心里有数，太后这是要把重要的人事任免权牢牢抓在自己手中，这对光绪自然是一个极大的限制。你不是想任用维新人士吗？但没有我太后的批准那是休想。与此同时，太后还任命自己的亲信荣禄暂署直隶总督，这也被视为一种防范措施。
不过，尽管如此，在太后谕旨下达的京。据他回忆，他与康在朝房等候召见时，荣禄也在。他是因被任命为直隶总督，前来面帝请训的。当时，康有为与荣禄在朝房里有过一段交谈。至于交谈内容，张元济并未提及。不过据梁启超所说，荣禄向康问及变法之方，康说：“变法不难，三日足矣。”荣问其故，康说：“但将二品以上官尽行杀了，可矣。”
此话听上去甚为极端，康有为是否说过这样的话值得商榷。有分析认为，康说将二品以上官尽行杀了，打击面实在太大，对此表示怀疑。而另有记载称，康有为当时的回答是：“杀二品以上阻挠新法大臣一二人，则新法行矣。”如果康有为确实说过类似的话，后者的表述可能更为准确。
至于荣禄是何反应，这从光绪召见的奏对中可以看出。那天，第一个被召见的就是荣禄。他向皇上面劾康有为，说他“辩言乱政”云云，可见对康的言论十分不满。
此后，光绪召见了康有为。他是那天第三个被召见的。关于这次召见的情况，各种记载不一，综合起来看君臣对话主要是围绕变法进行。话题很广泛，涉及法国、日本、俄国变法，以及开制度局、废八股等方面。康有为认为，变法当全变，仅变局部不行，而要改变首先得从变制度法律始。因此他请求皇上“请先开制度局而变法律”。他还比喻说，皇上要盖宫殿，必定要先有图纸，然后再购置材料按图建造。可我们过去的改革虽然买了砖瓦，但却没有计划或图纸。他还比喻说，现在的政府如同一座漏顶的房子，而且房梁已被白蚁腐蚀完了，再待在里边非常危险。因此，你不仅应当把屋顶拆掉，而且还必须把整个屋子，乃至根基全部去掉。他们还谈到用人问题。光绪对那些保守大臣非常不满，说他们“简直把我害了”，但是要革除他们很难，因为这个权力握在太后手中。康有为向他建议说，如果陛下没有权力罢黜这些高官，至少应该招致一班精明强干的官员在自己身边，协助自己。用康有为的话说：“皇上欲变法，惟有擢用小臣，广其登荐，予以召对，察其才否，皇上亲拔之，不吝爵赏，破格擢用。”
这次召见时间不短，有说愈十刻，也有说长达两小时之久。总之，在光绪召见中是很少有的。
在召见康的当天，光绪便命康在总理衙门章京上行走。据说，光绪原打算重用康有为，但因太后前一天已有谕旨，高级官员任命须经太后同意，光绪不得已做出以上安排。对于这样的安排，康有为当然很不满意。用梁启超的话说：“总署行走，可笑之至。”但在当时的情况下也只能如此。
第二件是六部堂官事件。在说这件事之前，有些背景需要交代一下。维新变法启动后，光绪颁布了一系列改革措施，所谓“变法维新之谕连翩而下”。比如选拔人才、发展近代教育、振兴农工商、富国强兵等等。其中最重要的一项是机构改革。早在年初，康有为就提出设立制度局的想法，认为现在的各部门均为旧官把持，改革难以实行。在光绪召见之后，康有为又进一步提出在制度局之下设法律、度支、学校、农、工、商等十二局，并在道、县设立民政局，督办新政事宜。这个想法立即遭到保守派的反对，认为六部体制乃祖宗之制，无须另立机构。他们还散布流言，声称所谓制度局是夺我军机之权，废除内阁六部及督抚、藩臬司道。由于保守派的坚决抵制和阳奉阴违，此计划随之搁浅。
不久，围绕废科举，办京师大学堂，改革派与保守派又是针锋相对。随着京师大学堂的建立，以及变通科举，废除八股文，改试策论等，变法取得了一定的进展，但由于保守派的阻挠，新政仍然步履维艰。8月间，太仆寺卿岑春煊上奏，请废卿寺、汰冗员。光绪此时正愁机构改革无从下手，便于8月30日颁布谕旨，将詹事府、通政府、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺和大理寺等衙门“均着即行撤裁”；与此同时，还把鄂、粤、滇三省巡抚及东河总督、粮道、盐道“着一并裁撤”。
在谕旨中，光绪口气严厉，要求“内外臣工，即行遵照切实办理，不准藉口体制攸关，多方阻格”，更不准“敷衍了事”。对各省设立的办公局所，也“一律严加甄别沙汰，限一月办竣复奏”。