，不仅葬送了僧格林沁，而且也使他的王牌马队毁于一旦。捻军声势大张，兵锋迫近京畿。清廷闻报，异常震撼，紧急调整剿捻方略，谕令曾国藩前往督师。
曾国藩到任后，根据僧格林沁失败的教训，归纳总结出了捻军的活动特点，即“打圈圈之法”，然后有针对性地制定了一套作战方略。其要点为：以静制动。你捻军不是能跑吗？好，你跑我不跑。我重点设防，先把你围起来，然后再加以剿灭。用他的话说，这叫“以有定之兵，制无定之贼”。
具体做法是在捻军经常出没的豫北、皖北、苏北、鲁南四省十三府重点防守，然后将这些点连成一线，形成一个大口袋，将捻军装在袋中，逐一消灭。
这一想法固然是好，可实施起来难度却很大。首先它需要四省督抚驻军齐心合力，同心同德，否则一点突破则前功尽弃。
然而，各地督抚守将各怀私心，谁也不愿牺牲地方利益。于是，各自为政，任由捻军纵横自如。时间一长，久而无功。朝廷急了，便开始追究责任。可是，各地督抚又把责任推给曾国藩，说他消极畏敌，未尽职守。他们还拿他与僧格林沁相比，说什么僧王爷再不济，人家鞍马劳顿，没功劳还有苦劳，而今他曾大帅倒好，安居徐州，风不吹雨不淋的，倒是气定神闲，可捻匪却愈加猖獗了。
面对无端批责，曾国藩大呼冤枉，可他一张嘴说不过多张嘴。面对腾章四起，谤议盈路，不禁大感头疼。
为了改变局面，他不得不对原先的战略加以修订。即在重点设防之外，增设运河、沙河与贾鲁河防线。曾国藩认为，贾鲁河、沙河是捻军闯入山东、皖北必经之地，只要扼守住这道防线，捻军的行动就会受限，然后，“各分汛地，层层布置”，便可渐逼渐紧，最终把捻军驱逐至豫西山多田少贫瘠之处，加以歼除。
应该说，这一方案比先前的方案改进了不少，也更加完善。但是，你想得好不等于做得好。计划再好也得人来执行。就在曾国藩千辛万苦，好不容易将千里长堤修筑起来之后，一天夜里，捻军大队突然冲破开封以南防线，向东奔突而去。守护堤防的河南防军几乎是一击即溃。千里长堤，铁壁合围，转瞬化为泡影。
计划再次受挫，于是抨击之声又起。就连李鸿章也对这一做法的可行性表示了质疑，甚至讥讽这种“修墙筑堤”之法，说是“闻者皆笑其迂”。他还写信给刘秉璋说，古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇在千年之后，竟然遇见公等知音了。这话显具挖苦之意，虽是对刘秉璋说的（刘为河防之策的热心筹划者之一），实则却是暗讽曾国藩。
面对这种局面，曾国藩一筹莫展，又气又恨。在给曾九弟的信中，他无奈地表示，数万大军“想与敌交一下手而不可得，可恨之至”!想当年，轰轰烈烈的太平军都被他打下去了，而如今面对擅长“打圈圈之法”的捻军，他却无能为力，难建寸功。随后不久，“匪氛更炽”。捻军分为东西两股，一股深入山西，一路挺进河阳。朝廷焦急万分，不得不对剿捻人事做出重大变动，即令李鸿章前往接任曾国藩。
同治六年(1867年)2月李鸿章走马上任了。自咸丰三年（1853年）以来，清廷为剿捻先后派遣了二十二个统帅，到李鸿章已是登场了。
此时的李鸿章信心满满，志在必得。但是，让他没想到的是，就在他刚上任不久，捻军就当头给了他几棒。
1866年12月间，就在李鸿章督师前不久，捻军在杞县、河南一带分为东西两支：一支由赖文光、任化邦率领，继续周旋于山东和中原一带，称为东捻军；一支由张宗禹率领，前往陕甘，联络回众，称为西捻军。
捻军一分为二，这是战略上的重大调整，也是形势所迫。当时清军调集了大量军队，集中于苏、鲁、豫、皖地区，进行围追堵截。捻军虽然挫败了曾国藩的多次围堵，但局势并未改观，相反更加严峻。在此情况下，赖文光认为“独力难支，孤军难立”，特命梁王张宗禹等率部“前往甘、陕，连结回众，以为犄角之势”。
对于捻军的分兵之策，史学家历来有不同的评论。一种认为，这无疑是削弱自身的错误做法，从而给了清军逐个击破的条件；而另一种则认为，分兵陕甘，联络回众，扩大了捻军的基础，有利于进一步开展斗争。
究竟哪种说法正确，其实很难做出判断。不过，就在李鸿章督师不久，便从湖北传来消息，东捻军主力正在安陆臼口镇一带集结，李鸿章闻讯便立即调集各路大军开始向安陆进发，计划就地围歼。这是李鸿章上任后实施的也回奏称，“圣上英明，指授机宜，极其透彻”，“目下军势既集，网罗已张”，必将就地围剿，痛歼其匪。
然而，他的话音未落，接二连三的打击便接踵而至了。先是郭松林的新湘军在罗家集中了埋伏，之后张树珊部又在杨家河全军覆没，张树珊战死。事情到此还没完，不久，尹漋河之战爆发，号称“淮军极为震惊，无地自容。这时，轮到曾国藩看笑话了。他在给九弟信中说：“人都说捻子善避兵，只怕打不着。我则说，不怕打不着，