中央政府
中书省
主条目：中书省(明朝)和胡惟庸案
明朝中书省，为明朝初期至洪武十三年（1380年）期间的行政中枢。其中丞相为明朝中书省的最高级长官，负责统领六部。明初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。甲辰正月，初置左、右相国，其中李善长为右相国，徐达为左相国。吴元年，改右相国为左相国，左相国为右相国。洪武元年，改为左、右丞相。由中书省统六部，但不设置中书令。洪武十三年（1380年），胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。
左丞相一人正一品中书省洪武十三年废
右丞相一人正一品中书省洪武十三年废
平章政事一人从一品中书省洪武九年汰
左丞一人正二品中书省洪武十三年废
右丞一人正二品中书省洪武十三年废
参知政事一人从二品中书省洪武九年汰
郎中一人正五品中书省左司洪武十三年废
郎中一人正五品中书省右司洪武十三年废
员外郎一人正六品中书省洪武十三年废
都事一人正七品中书省洪武十三年废
检校一人正七品中书省洪武二年革
照磨一人从七品中书省洪武二年革
管勾一人从七品中书省洪武十三年废
参议一人正三品中书省参议府吴元年革
参军一人从三品中书省洪武十三年废
断事官一人从三品中书省洪武二年革
断事一人正七品中书省洪武十三年废
经歷一人正七品中书省洪武十三年废
知事一人正八品中书省洪武十三年废
都镇抚一人正五品中书省都镇抚司甲辰十月以都镇抚司隶大都督府，后废
考功郎一人正七品中书省考功所洪武元年革
中书舍人十人从七品中书省旧名直省舍人
内阁
主条目：明朝内阁
参见：明朝内阁辅臣年表
明朝内阁制度，为明成祖首先确立。内阁乃建文四年（1402年）至崇禎十七年（1644年）的皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。明太祖废除宰相。起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数諮询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部[。
中极殿大学士一人正五品
建极殿大学士一人正五品
文华殿大学士一人正五品
武英殿大学士一人正五品
文渊阁大学士一人正五品
东阁大学士一人正五品
六部
参见：明朝尚书与都御史年表和南京六部
明朝中书省时期，七卿长官均为正三品。洪武十三年，朱元璋罢中书，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。六部包括吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，其所属最高长官为明朝吏部尚书、明朝户部尚书、明朝礼部尚书、明朝兵部尚书、明朝刑部尚书、明朝工部尚书，其常常与都察院之都御史、通政使司之通政使、大理寺之大理寺卿合称「九卿」。明朝时，重臣任择须由九卿及外省巡抚、总督公开举荐，此为廷推。各部司不能单独决定的国家大事、要事，须经九卿公决，此为廷议。而由三法司无法决定的大型狱讼，以由九卿开会定狱，此为廷鞠或园审。其与明朝内阁构成了明朝的行政权力中心与决策核心。
吏部
吏部尚书一人正二品吏部
吏部左侍郎一人正三品吏部
吏部右侍郎一人正三品吏部
司务二人从九品吏部司务厅
郎中一人正五品吏部文选清吏司
郎中一人正五品吏部验封清吏司
郎中一人正五品吏部稽勛清吏司
郎中一人正五品吏部考功清吏司
员外郎一人从五品吏部
主事一人正六品吏部
主事一人正六品吏部文选清吏司洪武三十一年增设
主事一人正六品吏部考功清吏司正统十一年增设
户部
名称人数秩品所属备註
户部尚书一人正二品户部
户部左侍郎一人正三品户部
户部右侍郎一人正三品户